In der PDE greifen die verschiedenen Editoren wie der Plug-in-Editor oder Produkt-Editor auf verschiedene Dateien zu. Dadurch kann es zu Inkonsistenzen kommen, die manuell aufgelöst werden müssen. Wird z.B. die Datei "meinTollesProdukt.product" gelöscht, so hat dies keine Auswirkungen auf die Änderungen, die vorher mit dem Product-Editor gemacht wurden, wie etwa den AboutText oder Splash-Screens. Diese wurden nämlich in der plugin.xml gespeichert. Auch Refactoring wie Umbenennen von Paketen kann zu Problemen führen.

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